Buenos días Helia.
Con frecuencia los ojos salen rojos en las fotos. El motivo de esta situación es que el iris no tiene tiempo a contraerse ante la rapidez del incremento lumínico producido por el flash y al estar abierto se fotografía la retina (es roja por su alta vascularización). Ese incremento tan rápido de la intensidad luminosa no es lo mejor para la delicada retina de un lactante, pero vamos a ser realistas, tampoco va a tener ninguna consecuencia real es su normal desarrollo o en su capacidad visual.
En cualquier modo, si quieres "mimar" la retina, no hagas las fotografías totalmente de frente a su cara, es mejor buscar un cierto ángulo (de este modo la luz impresiona menos las retina), e incrementa antes la luz de la habitación para que el niño contraiga el iris antes del impacto luminoso del flash.
Atentamente.